在《批评中医》一书中，“科学”是方舟子用得最多的一个词。虽然，他对什么是科学作了界定，但是在批评中医的过程中，却用非科学的标准衡量中医，借科学之名，行非科学之实，这是方舟子《批评中医》－书的科学真相。
那么，方舟子是怎样打着科学的旗号反科学的呢？
什么是科学？
在《批评中医》一书中，方舟子说，“第三，科学理论必须是能够被证伪的，不能在任何条件下都永远正确、拒绝任何的修正。”“第四，科学理论必须是有清楚界定的应用范畴的，只在一定的条件下、在一定的领域中能够适用，而不是无所不能，无所不包。”这是科学的标准。
那么，什么是非科学？
“非科学就是不能够被证伪的，在任何条件下都永远正确、不用任何的修正。”“就是没有清楚界定的应用范畴的，在任何条件下、在任何领域中能够适用，无所不能，无所不包。”这就是非科学的标准。
中医理论有它的不足，中医有它无法治疗的疾病，中药有一定的*副作用，总之，中医不是无所不能，包医百病。如果用科学标准衡量，这恰恰与科学标准相符合。方舟子很清楚这一点，他是绝不会用科学的标准去衡量中医的。
因为，《批评中医》一书的主旨是：中医不科学。因此，只有科学成为在任何条件下、在任何领域中能够适用，无所不能，无所不包，永远正确，才能使中医不科学。
为了批评中医不科学，方舟子遵循的原则是：只挑选对自己有利的数据作解释，而无视不利的数据。
一方面他用科学标准批评中医的气、阴阳和五行，无所不能，无所不包，利用它似乎能解释万事万物及其变化，然而实际上又等于什么也没有解释。因为，科学不能永远正确。
另一方面用非科学的标准批评中医疗效不确定，批评中药有*副作用。抓住中医的缺点大做文章，而对西医的缺点默不作声。
上千年的中医临床实践，形成了一套完整而系统的中医理论体系，出现了*帝内经，神农本草经，伤寒杂病论，千金要方，铜人腧穴针灸图经，本草纲目以及温热论等医学典籍，不仅如此，还诞生如扁鹊，华佗，张仲景，皇甫谧，葛洪，孙思邈，钱乙，马希麟，李时珍，叶天士等一代名医。这些典籍都是上千年中医临床实践经验的结晶，这是比双盲试验要可靠的多的验证，疾病的自愈只限于自限性疾病，它于中医药的疗效无关。如果沒有疗效，那么历史上这些名医名家是怎样诞生的？靠皇帝推荐？还是自吹自擂？这些都是不可能的！除了中医药的疗效以外沒有其它的解释。除此，像邓铁涛那样的国医大师〔从年开始，中国*府在全国范围内评选国家级中医大师，到现在共评选了三届，每届30名〕，都是对中医药能够存在的最好证明。
当然这些方舟子是默不作声。
于是他抓住某些疾病可以自愈而大做文章，方舟子说，“经验有可能有效，却也非常有限。口口相传的经验往往是靠不住的，含有捏造、夸大成份，或有意无意地进行筛选，即注意成功的病例而怱视失败的病例。”历代名医名家医案中记的处方，“这些在现代医学看来都没有价值，因为就药物、疗法的疗效而言，个案没有一点说服力。某个患者吃了某种药物之后病好了，并不等于就是那种药物真得发挥了作用。它可能是自愈，许多疾病本来不吃药也可以自愈；可能是心理暗示的结果，许多疾病的相当一部分病人在吃了无药性的‘安慰剂’之后也会痊愈。”说中医药有效是上千年临床实践经验的结晶，并不等于说中医药可以包治百病，也不等于说中医是万能的。这与方舟子的科学标准是相符合的：
“第三，科学理论必须是能够被证伪的，不能在任何条件下都永远正确、拒绝任何的修正。”“第四，科学理论必须是有清楚界定的应用范畴的，只在一定的条件下、在一定的领域中能够适用，而不是无所不能，无所不包。”经验是有限的，不能医治所有的疾病；中医药也有它无法解释的现象和无法解决的问题，它无法确定中药的安慰剂效应。这很正常，这恰恰是科学的特征。科学仅仅只是在一定的范围内才是正确的，科学与非科学划界的标准是它的范围性。
但是，方舟子却要中医药能够包医百病，不然的话，那就是“捏造”、“夸大”，即使治好了某个人的病，那也是病人自愈的结果。方舟子就是这样，抓住中医药的某个缺点，无限放大，大做文章，用无所不能、无所不包、不受范围制约永远正确的非科学的标准衡量中医。
因为，只有用非科学的标准衡量中医，才能得出中医药不科学的结论。
不仅如此，对于西医，方舟子也是用非科学的标准来衡量，不同于中医的是，他把西医当成了不受范围制约，无所不能、无所不包、永远正确的东西。
方舟子批评中医不科学的另一个证据是中药有*副作用。他解释说，“*副作用与一般的副作用不同，是指用药后能导致器官损害、机体功能障碍，产生新的疾病，甚至导致死亡。”像这种有*副作用的中药，方舟子列举了十九页之多，从而证明中医的不科学，而对西药的*副作用则保持沉默，只字不提，以证明西医的科学性。
然而事实上，同中药一样，西药也有*副作用，甚至比中药有过之而无不及。
比如：氨基比林是一种解热镇痛药，可引起白细胞减少症，在美国有人死于与使用本药品有关的疾病，在欧洲大约有人死亡。
二硝基酚是一种减肥药，可引起白内障。三苯乙醇是一种降低胆固醇的药物，能引起脱发、皮肤干燥、男性乳房增大、阳痿、视力下降、白内障，在美国有几十万人服用过此药，引起白内障的约千人。
年美国某工厂使用二甘醇代替酒精生产磺胺酏剂，用于治疗感染性疾病，结果有多人发生肾功能衰竭，人死亡。
氯磺羟喹主要用于治疗阿米巴痢疾并能预防旅行者腹泻，可引起的亚急性脊髓视神经病。由于使用此药而造成的残疾人大约有1万多人，死亡约人。
*体酮等孕激素是上世纪三、四十年代治疗习惯性流产等妇科疾病的常用药物，可引起女婴外生殖器男性化畸形。
己烯雌酚可引起少女阴道癌。
年，美国*队里曾普遍接种*热病疫苗，结果在接受预防注射的万*人中，有人发生传染性肝炎，死亡62人。
反应停（沙利度胺）最早于年在原西德上市，主要治疗妊娠呕吐反应，它造成上万计的“海豹儿”，是二十世纪世界最严重的药害事件。
有资料显示，从4到年，就有种处方药被FDA取消资格并被回收，平均每年淘汰种旧药。为什么FDA每年要淘汰种以上已经通过双盲试验而允许上市的西药？是因为在临床中不断发现这些西药潜藏着各种新的、当审批时候未发现的严重的*副作用，而且各种*副作用层出不穷，以至于不得不宣布淘汰和禁用。
尼美舒利是一种非甾体抗炎药，具有抗炎、镇痛和解热作用。年在意大利首次上市，几乎每2年都要更改说明书，添加新的*副作用说明。先是：“本品可能导致肾功能损害。”后来是：“本品可能损害女性的生育能力。”再后来是：“可能引起严重心血管血栓性不良事件、心肌梗塞和中风的风险增加，其风险可能是致命的。”过了几年又增加新的*副作用说明：“本品可导致新发高血压或使已有的高血压加重，其中的任何一种都可导致心血管事件的发生率增加。”再后是：“本品可引起可能致命的、严重的皮肤不良反应，这些严重事件可在没有征兆的情况下出现。”等等。由于尼美舒利在临床实践中发现的*副作用越来越多，最终被多国宣布禁用和淘汰。还有滥用抗生素给人的健康造成了巨大威胁，等等。这些都是西药*副作用的证据，
西药诞生到现在，共产生了多种西药，而现在用于临床的只有种。而且这种被淘汰的西药今后还在增加着，美国FDA每年审批通过20-40种新药，同时每年却要淘汰-种旧药。
这些铁一般的事实，都充分说明双盲试验无法确定新药的疗效，更无法确定新药的*副作用，它只不过是一种排除安慰剂效应的方法罢了。
总之，在《批评中医》一书中，方舟子一方面说，中医学不是科学，中医疗效不确定，中药*性要当心，鲁迅始终认为“中医不过是一种有意的或无意的骗子”，名中医治愈过胡适的糖尿病，胡适生前几次辟谣，京城名中医施今墨治好汪精卫岳母的痢疾，是中医家捏造出来的传奇故事，中医能治萨斯？依靠长期的经验摸索的确有可能发现某些疾病的某些治疗方法，但这不适合于像艾滋病、萨斯病这样的新发传染病。总之，中医从上到下从里到外，凡你能想到的中医优点，都被方舟子说得一无是处。
这是用科学的标准批评中医吗？
显然不是！
这是用无所不包、无所不能、永远正确的非科学的标准批评中医，中医疗效不确定，中药有*性，达不到至善至美，所以是非科学！
相反，另一方面，把西医称为现代医学，现代医学建立在生物学基础之上，而生物学又建立在物理、化学的基础上。所以西医是科学。现代的药物开发是大*团作战，需要众多不同领域的专家通力合作。为了排除安慰剂效应，在临床测试一种新药的疗效时，就必须精心设计试验方案，进行对照试验。因此双盲试验当是“能够确定药物疗效的最可靠的方法”，不仅适用于西医，而且更适用于中医。中医的唯一出路就在于：“由于中药的疗效、*副作用不明，那么对待它就要像对待新药开发一样，进行药理、*理研究，通过体外实验、动物试验、一到三期临床试验、流行病学调查这些阶段，……才有可能获得承认。”
这是用科学的标准看待西医吗？
显然不是！
这是用无所不包、无所不能、永远正确的非科学的标准看待西医。双盲试验不仅适用于西医，而且适用于中医，无处不适用，无处不正确。表面看是把西医推向科学的高位，实际是把西医贬低为非科学。
方舟子自己建立了科学标准，却用非科学的标准看待中医和西医。
方舟子自相矛盾，打着科学的旗号，贩卖非科学的东西，这就是《批评中医》一书的科学真相。